Увольнение во время учебного отпуска

Согласно статье 80 ТК РФ "Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели." "По соглашению между работником и работодателем трудовой договор может быть расторгнут и до истечения срока предупреждения об увольнении"
Т.о. Вы можете уволиться без 2-недельной отработки только в случае достижения соглашения с работодателем.

Нет такого понятия "отработка". Вы обязаны предупредить о своём уходе работодателя за 2 недели. Далее по договорённости, Вас могут и раньше рассчитать.
Об удержаниях из ЗП - Статья 137 ТК РФ.

Вы можете находясь в учебном отпуске написать заявление на увольнение, при этом находясь же в отпуске - уволиться...

а как быть с выплаченными деньгами?

Вычтут при расчете...

Не запрещено увольнение работника по собственной инициативе в период нахождения в отпусках. Чтобы всё было красиво, надо писать заявление об увольнении указывая, днём увольнения последний день УО. Ничто не мешает Вам предупредить работодателя ранее 2 недель.
Если уволитесь ранее окончания УО, то работодатель вправе удержать не использованую часть при окончательном расчёте, но будет ли там из чего удерживать? Далее имеет право предложить Вам самому добровольно погасить указанную сумму, в случае отказа попытаться удержать через суд, но это малоперспективно.