Права работать с видом на жительство

Ну а мы откуда можем знать, почему они Вам отказали? Иностранные граждане, имеющие вид на жительство принимаются на работу, также как и граждане РФ, никаких проблем с ними нет, работодатель должен только отправить уведомление в ФМС.
Возможно, данная компания, в принципе, не хочет работать с иностранными гражданами или просто не захотели называть истинную причину. Запросите у них официальный, письменный отказ.